1.尿道炎
支原体是泌尿系感染的常见致病微生物，由支原体导致的泌尿系感染以尿道炎最为多见，其他还包括肾盂肾炎等。目前认为非淋菌造成的尿道炎中，35%～50%与衣原体感染相关，20%～40%与支原体相关，其余病因尚不清楚。
2.宫颈炎和盆腔炎
近年来，已有大量证据证明生殖支原体Mg是宫颈炎、子宫内膜炎、盆腔炎、男性生殖道疾病和输卵管性不孕的病因。生殖支原体有很重要的临床意义，但我国的生殖支原体临床检测很少。约有10%的盆腔炎患者能培养出支原体，同时，有研究表明支原体感染还可致产后发热，其原因可能是造成了子宫内膜炎。
3.绒毛膜羊膜炎及早产
相关研究表明，解脲支原体可以导致羊膜腔内感染。研究结果表明，母体孕中期阴道解脲支原体的定植与胎儿低出生体重、胎膜早破及早产的发生无显著相关性。目前，大多数临床研究认为不需要对孕期下生殖道检出解脲支原体的患者进行干预和治疗。因此，如果怀疑下生殖道支原体上行感染至宫腔导致绒毛膜羊膜炎及早产，需要从上生殖道取样进行评估。
4.泌尿生殖道支原体的检出对男性精液质量的影响
有很多临床研究显示解脲支原体可能影响精子活动度，其原因可能是支原体粘附影响精子活动，也有可能是支原体诱导抗精子抗体的产生。
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